Les poissons restent l’espèce la plus représentative des cours d’eau. L’Yerres compte 26 espèces de poissons différents (de l’espèce la plus répandue à la plus rare) :
Gardon, Vairon, Epinoche, Goujon, Loche Franche, Chevesnes, Ablette, Vandoise, Chabot, Perche, Tanche, Anguille, Bouvière, Carassin (et carassin doré), Rotengle, Perche Soleil, Brème commune, Epinochette, brochet, Grémille, Sandre, Poisson-chat, Hotu, Brème bordelière, Carpe, Black-bass.
Il est également possible de rencontrer des truites mais l’Yerres n’a pas les caractéristiques d’une rivière à truites, elles sont régulièrement introduites pour l’organisation de concours de pêche.

Mais la faune aquatique ne se résume pas seulement aux poissons, la rivière héberge une multitude d’autres espèces comme les crustacés : écrevisses , les mollusques : anodontes, différents types de vers : sangsues ou les insectes comme les odonates.
Les odonates, c’est à dire les libellules, reste l’espèce la plus particulière sur l’Yerres. En effet, on compte 11 espèces différentes dont la « grande aeschne », espèce protégée en Ile-de-France dont la larve met 3 ans pour se développer.
Les larves de libellules aussi se développent d’abord dans l’eau, avant de se transformer en libellule et de prendre son envol.

Les espèces présentent dans l’Yerres :
 Calopteryx éclatant
 Calopteryx vièrge
 Leste vert
 Ichnure élégant
 Agrion porte coupe
 Agrion à yeux rouges
 Aeschne bleue (il faut 1 à 2 ans pour que la larve se développe)
 Grande aeschne
 Libellule déprimée
 Libellule fauve
 Symptôme rouge sang

43 espèces différentes parmi lesquelles :
Poule d’eau
Foulque macroule
Canard colvert
Héron cendré
Martin pêcheur
Pics vert
Epeiche
Grimpereau de jardin
Cygne tuberculé
Faucon crécelle
Mouette rieuse
Bergeronnette
Grèbe

Grenouille rousse
Grenouille verte
Crapaud commun

Couleuvre à collier
Lézard des murailles
Orvet fragile

Hérissons
Chauves-souris
Renard
Ecureuil lérot
Muscardin
Rat d’eau
Surmulot
Ragondin
Lapin
Lièvre commun